تتمثل الوظيفة الرئيسية لنظام إدارة الطاقة الحرارية المائية في الحفاظ على التوازن الحراري لنظام خلايا الوقود ، واستعادة الحرارة الزائدة ، وإجراء التسخين الإضافي عند بدء تشغيل نظام خلايا الوقود ، للتأكد من أن الجزء الداخلي من كومة خلايا الوقود يمكن أن يصل بسرعة إلى نطاق درجة حرارة مناسب ، ولضمان أن القطب السالب في أفضل منطقة عمل على جانبي الأنود.
يتكون نظام إدارة حرارة الماء بشكل أساسي من ترموستات إلكتروني ، ومضخة مياه إلكترونية ، ومبرد ، ومزيل التأين ، وخزان تمدد.
تتمثل وظيفة منظم الحرارة الإلكتروني في ضبط تدفق المياه للدوران الكبير والصغير في نظام التبريد عن طريق ضبط الفتحة ، وذلك لتحقيق تحكم دقيق في درجة الحرارة.