اليوم ، لا تزال تكلفة إنتاج الهيدروجين الأخضر مرتفعة. في تقرير نشر العام الماضي (باستخدام بيانات عام 2018) ، قدرت وكالة الطاقة الدولية تكلفة الهيدروجين الأخضر بمبلغ يتراوح بين 3 دولارات و 7.5 دولار للكيلوغرام الواحد ، في حين أن تكلفة إنتاج الهيدروجين المجهز بالميثان البخاري كانت 0.90 دولار إلى 3.20 دولار للكيلوغرام الواحد. يعد تقليل تكلفة المحللات الكهربائية أمرا بالغ الأهمية لخفض سعر الهيدروجين الأخضر ، لكن الأمر سيستغرق وقتا ونطاقا. وقالت وكالة الطاقة الدولية العام الماضي إن تكاليف التحليل الكهربائي يمكن أن تنخفض إلى النصف بحلول عام 2040 من حوالي 840 دولارا لكل كيلووات من الطاقة اليوم. تتطلب حالة العمل للهيدروجين الأخضر الكثير من الكهرباء المتجددة الرخيصة ، حيث يتم فقدان جزء كبير من عملية التحليل الكهربائي. تتراوح كفاءة المحللات الكهربائية بين 60٪ و 80٪ ، وفقا لشركة Shell.
قد تتطلب العديد من التطبيقات الهيدروجين الأخضر لتشغيل خلايا الوقود ، مما يؤدي إلى مزيد من الخسائر التي تجعل تحدي الكفاءة أكثر حدة. يتوقع بعض المراقبين أن إنتاج الهيدروجين الأخضر يمكن أن يمتص طاقة الطاقة المتجددة الزائدة في مراكز الإنتاج الكبيرة مثل مزارع الرياح البحرية في أوروبا. ومع ذلك ، بالنظر إلى أن تكلفة المحللات الكهربائية لا تزال مرتفعة ، فمن المشكوك فيه ما إذا كان مطورو مشاريع الهيدروجين الأخضر سيكونون على استعداد للسماح لمحللياتهم الكهربائية بالجلوس في وضع الخمول حتى تنخفض أسعار الطاقة المتجددة إلى مستوى معين. على الأرجح ، كما تفكر BP و Shell بالفعل ، سيقوم المطورون ببناء محطات إنتاج الهيدروجين الأخضر في المناطق الغنية بالموارد وتجهيزها بأصول مخصصة لتوليد الطاقة المتجددة.